Felipe González apuesta por una salida negociada al conflicto, en línea con el Grupo de Contadora. Así, en 1990 España se integra en el Grupo de Amigos del Secretario General de las Naciones Unidas, junto con Colombia, México y Venezuela, con el propósito de apoyar y acompañar el proceso de negociación promovido por la ONU en El Salvador. Tras doce años de enfrentamientos y cerca de 75.000 víctimas mortales, la firma de los Acuerdos de Paz de Chapultepec pone fin al conflicto y abre una nueva etapa en el país.
El Salvador cuenta con una rica herencia cultural representada por figuras de la talla del poeta Roque Dalton o el escritor Salvador Salazar Arrué. Con el objetivo de fomentar la cooperación cultural, España ha reforzado su colaboración con el país especialmente desde la creación en 1998 del Centro Cultural de España en San Salvador.
La capital salvadoreña es sede de la XVIII Cumbre Iberoamericana en 2008. En ella se aprueba el Plan Iberoamericano de Cooperación e Integración de la Juventud 2009-2015, destinado a promover una mayor participación y cohesión de la juventud en el espacio iberoamericano.